Factsheet: Biopython

Gruppe: Bioinformatik

Zweck: Biopython ist eine Sammlung von frei verfügbaren Python-Werkzeugen für die biologische Datenverarbeitung (Bioinformatik), die Funktionen für Sequenzanalyse, Strukturdaten und Zugriff auf Online-Datenbanken bietet.

Eigenschaft	Wert
Latest	1.84
LTS	N/A
Reifegrad	Stabil
Technische Schulden	Gering
Erwartetes Lebensende	Kein EOL bekannt
Referenzhandbuch	biopython.org
Wikipedia	en.wikipedia.org/wiki/Biopython

Installation (Ubuntu 24.04)

sudo apt update
sudo apt install python3-biopython

Hello World

from Bio.Seq import Seq
print(Seq("AGT").reverse_complement())

Beispieldaten

Die folgenden Beispieldaten befinden sich im Ordner examples/:

• example.fasta
• example.gbk
• example.pdb
• validate_biopython.py
• test1.fasta
• test2.fasta
• test3.fasta
• test4.fasta
• test5.fasta

Validierung

Führen Sie das Validierungsskript aus:

python3 examples/validate_biopython.py