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Factsheet: Pymol

Gruppe: Bioinformatik

Zweck: PyMOL ist ein leistungsstarkes molekulares Grafiksystem zur Visualisierung und Erstellung hochwertiger 3D-Bilder von kleinen Molekülen und biologischen Makromolekülen wie Proteinen.

Eigenschaft Wert
Latest 3.0.0
LTS N/A
Reifegrad Stabil (gepatched für Python 3.12 Kompatibilität)
Technische Schulden Gering
Erwartetes Lebensende Kein EOL bekannt
Referenzhandbuch pymol.org
Wikipedia de.wikipedia.org/wiki/PyMOL

Installation (Ubuntu 24.04)

sudo apt update
sudo apt install pymol
# Patch PyMOL for Python 3.12 compatibility (remove 'imp' dependency)
sudo sed -i 's/^from imp import find_module/import importlib.util/' /usr/lib/python3/dist-packages/pymol/__init__.py
sudo sed -i "s/find_module('pymol')\[1\]/importlib.util.find_spec('pymol').submodule_search_locations[0]/" /usr/lib/python3/dist-packages/pymol/__init__.py

Hello World

import pymol
pymol.finish_launching()

Beispieldaten

Die folgenden Beispieldaten befinden sich im Ordner examples/:

  • protein.pdb
  • script.pml
  • ex1.pdb
  • ex2.pdb
  • ex3.pdb

Validierung

Starten Sie PyMOL:

xvfb-run -a /usr/bin/python3 -m pymol -c factsheets/bioinformatik/pymol/examples/protein.pdb