Factsheet: Rdkit

Gruppe: Bioinformatik

Zweck: RDKit ist eine Open-Source-Sammlung von Software für die Chemoinformatik und das maschinelle Lernen, die Funktionen für die Manipulation chemischer Strukturen und die Deskriptorberechnung bietet.

Eigenschaft	Wert
Latest	2024.09.1
LTS	N/A
Reifegrad	Stabil
Technische Schulden	Gering
Erwartetes Lebensende	Kein EOL bekannt
Referenzhandbuch	www.rdkit.org
Wikipedia	en.wikipedia.org/wiki/RDKit

Installation (Ubuntu 24.04)

sudo apt update
sudo apt install python3-rdkit

Hello World

from rdkit import Chem
print(Chem.MolToSmiles(Chem.MolFromSmiles('C')))

Beispieldaten

Die folgenden Beispieldaten befinden sich im Ordner examples/:

• molecules.smi
• validate_rdkit.py
• mol1.mol
• mol2.mol
• mol3.mol
• mol4.mol
• mol5.mol

Validierung

Führen Sie das Validierungsskript aus:

python3 examples/validate_rdkit.py